پیشرفت‌های کسب شده در حوزه‌های بین‌بانکی در قالب شبکة ملی، شامل انواع سامانه‌های شتاب، سحاب، ساتنا، شهاب و اخیراً ACH  را نیز می‌توان از مؤثرترین اقدامات در حوزة بانکداری الکترونیکی به‌شمار آورد که علاوه بر مزایای ارزشمند آن برای بانک‌ها، انتظارات مشتریان حوزة بین‌بانکی را با کارآیی، سرعت و سهولت بیش‌تر پوشش داده است. گفتنی است که در سال 1388، با ارائة نشریة ویژة مشتریان، علاوه بر نشریة تخصصی موجود (بانکداری الکترونیک)، برنامة هدفمند و مؤثری در زمینة فرهنگ‌سازی و آموزش پیگیری شد.
موفقیت‌های شبکة بانکی در گذر از مواجهه با چالش‌ها و مشکلات متعدد به‌دست آمده است. بنابر این جای شگفتی ندارد اگر بگوییم توسعه در نظام بانکی اعم از بانکداری الکترونیکی یا غیر آن، همواره با چالش روبه‌رو بوده است. بخشی از این چالش‌ها همگانی است و تمامی بانک‌ها را تحت تأثیر قرار می‌دهد. چالش‌های حوزة تأمین تجهیزات از این نمونه‌اند. بخش دیگر مربوط به برخی از بانک‌هاست که بسته به ظرفیت هر بانک در برنامه‌های توسعه آن ارتباط دارد. برای نمونه،‌ می‌توان به عدم همسویی سیاست‌ها و اولویت‌های توسعة بانک‌ها با برنامه‌های توسعة عمومی اشاره کرد. اهم مواردی که در این زمینه به شکل عام می‌توان به آن‌ها اشاره کرد عبارتند از:
1. نبود توازن توسعة کمی و کیفی در مجاری پرداخت؛
2. عدم هدایت برنامه‌ریزی شده مشتریان به مجاری مناسب پرداخت، به دلیل نبود ابزارها و سامانه‌های‌ لازم مانند سامانة مدیریت ارتباط با مشتریان؛
3. نبود نظارت مطلوب بر روی اجزای شبکه‌های پرداخت خصوصاً شبکة پایانة فروش از نظر سرعت، در دسترس بودن، بهره‌وری، رضایتمندی مشتریان و سرانة تراکنش؛
4. انتقال بخشی از مسئولیت‌های شرکت‌های متولی شبکه‌های زیرساخت به بانک‌ها؛
5. سرعت پایین و نارسایی‌های شبکة اینترنت و شبکة تلفن همراه که دارای بالاترین ضریب نفوذ در کشور بوده و در توسعة بانکداری الکترونیک و بهره‌برداری واقعی آن نقش مؤثری ایفا می‌کنند.
در گام بعد، با نگاهی به موفقیت‌ها از یک سو و با تأمل در چالش‌ها و مشکلات از سوی دیگر، شبکة بانکی باید به تداوم راهی بیندیشد که در این چند سال برای همراه شدن با تحولات روز و ارائة خدمات نوین در پیش گرفته است. از این منظر، رفع کمبودها و کاستی‌های شناخته شده در سال 1388 از اصلی‌ترین محورهای قابل پیگیری در سال 1389 است. سایر موارد می‌تواند مجدداً در قالب برنامه‌های توسعه با همکاری و همفکری متخصصان و صاحبنظران امر تدوین شود. از این دست موضوعات که قابل پیگیری است، می‌توان به این موارد اشاره کرد:
1. استقرار بانکداری جامع به عنوان یکی از پایه‌های مهم و اصلی، در ارائة خدمات مؤثر بانکداری الکترونیکی؛
2. راه‌اندازی و توسعة شبکة ارتباطی اختصاصی برای شبکة پولی و مالی کشور در سطح ملی، به‌عنوان خدمات‌دهنده با در نظر داشتن تمامی الزامات آن نظیر امنیت، دسترسی، پشتیبانی و ... و پرهیز از ایجاد و راه‌اندازی شبکه‌های ارتباطی مستقل و مجزا توسط بانک‌ها و سایر نهادهای پولی و مالی؛
3. استقرار سامانه‌‌های مدیریت مشتریان جهت ایجاد مشتری‌محوری به معنای واقعی آن؛
4. تلاش در جهت همسوسازی توسعة کیفی با توسعة کمی؛
5. شناسایی و انتخاب شاخص‌های مؤثر جهت تدوین یا بهینه‌سازی راهبردهای توسعة بانکداری الکترونیکی نظیر رابطة تعداد کارت با انواع تجهیزات پرداخت، درصد توزیع تراکنش در مجاری متفاوت و نظیر آن بر مبنای اطلاعات علمی و نتایج علمی به دست آمده طی سال‌های اخیر؛
6. تدوین برنامه‌های مؤثر سنجش عملکرد و اثربخشی بانکداری الکترونیکی؛
7. سامان‌بخشی به شبکة پایانة فروش، حذف تعدد تجهیزات در مراکز فروش، توزیع تجهیزات در مراکز جدید جهت افزایش سطح پوشش شبکة پرداخت در بخش پایانه‌های فروش؛
8. انجام مطالعات درخصوص اثربخشی ابزارها و شبکه‌های پرداخت در کشور به تفکیک ظرفیت‌ها و نیازمندی‌های استان‌ها و تدوین برنامه‌های مؤثر جهت پوشش کامل کشور؛
9. گسترش برنامه‌های فرهنگ‌سازی و آموزش در حوزة بانکداری الکترونیکی به تفکیک همکاران و مشتریان.
با این وصف، پیگیری برخی موارد برای به نتیجه رساندن تلاش‌ها و برنامه‌ها از اولویت بالایی برخوردار است. این موارد را می‌توان چنین برشمرد:
1. راه‌اندازی سامانة جامع بانکی برای ایجاد ظرفیت‌های لازم در جهت صنعت بانکی کشور خصوصاً دو بخش مدیریت ارتباط مشتریان و سامانه‌های اطلاعاتی که از رشد کافی در بانک ها برخوردار نبوده‌اند؛
2. سرعت بخشیدن به استقرار زیرساخت‌های امنیتی در بانک‌ها؛
3. نهایی‌سازی SLA شبکة ارتباطی زمینی کشور؛
4. تلاش در جهت بهره‌برداری مؤثر از خدمات نوین به عنوان عامل کاهندة هزینه‌های سربار و عملیاتی در سطح درون سازمانی بانک‌ها؛
5. مشارکت بیش‌تر بانک‌ها برای تسریع طرح‌های توسعة بین‌بانکی؛
6. تلاش برای رفع خلأهای قانونی مورد نیاز بانکداری الکترونیک در حوزة تجارت الکترونیکی و تعیین ‌تکلیف CA، PKI و سازمان Trustee؛
7. بهره‌بردرای مؤثر از خدمات بانکداری الکترونیکی در راستای تحقق دولت الکترونیکی.